Den Ofen auf 200° C vorheizen.
Die Zwiebel in feine Streifen schneiden und den Knoblauch fein hacken. Die Hälfte der Tomaten in 1 cm Würfel schneiden. 2 EL Olivenöl in einer Pfanne erhitzen. Die Zwiebelstreifen 3 Min. andünsten, dann den Knoblauch hinzugeben, 1 Min. mitdünsten. Mit 1 EL Essig ablöschen. Nun die Tomatenwürfel, Chilipulver und Zucker hinzugeben und 5 Min. mit Deckel schmoren lassen, dabei hin und wieder umrühren. Mit Salz und Pfeffer kräftig abschmecken.
Die Aubergine, die Zucchini, die restlichen Tomaten und die Paprikaschote in sehr dünne Scheiben hobeln oder schneiden, die Auberginenscheiben ggf. nochmal quer halbieren.
Die Tomatenmasse in einer runden oder eckigen Auflaufform verteilen. Das Gemüse abwechselnd dachziegelartig darauf legen. Kräftig salzen und pfeffern.
6 EL Olivenöl mit den Kräutern vermischen und über das Gemüse träufeln.
Im Ofen etwa 45 Min. backen, dabei mit einem ofenfesten Deckel oder Backpapier abdecken. Dann das Gemüse mit dem kleingewürfelten Mozzarella bestreuen und nochmals ca. 15 min backen, bis der Käse Farbe bekommen hat.